En el año 2000 la Universidad de Ciencias Médicas (UCIMED), de la mano del Dr. Misael Chinchilla Carmona y la Dra. Idalia Valerio Campos, con el apoyo del Dr. Pablo Guzmán Stein y los miembros de la Junta Administrativa, se dieron a la tarea de establecer un proceso de investigación básica como parte del sello indiscutible de calidad académica que nos caracteriza. Con el correr del tiempo, se fueron sumando más investigadores y personal de apoyo, lo que llevó a la inauguración del V piso de la Torre de Microbiología, como área destinada a la investigación, dedicando dicho Laboratorio de Investigación al Dr. Misael Chinchilla Carmona, el 16 de noviembre del 2015.
Como parte del crecimiento de la investigación en la UCIMED, se creó la Comisión de Investigación en el año 2014, conformada por destacados miembros de la institución. Para el año 2019, ya se cuenta con otras áreas de investigación: clínica, educativa y social, que surgieron al crearse otras unidades como la UNAC, CEC UCIMED, IICIMED, CEDAII y el departamento de Responsabilidad Social.
Actualmente existe una Normativa de Investigación, aprobada en el año 2016, donde se establecen entre otras cosas, los objetivos, los lineamientos para la inscripción de proyectos, las líneas de investigación, el seguimiento a los proyectos inscritos y la participación estudiantil.